Con la chiesa ed il convento costruiti, il nostro Beato pensò che per lui fosse tempo di dedicarsi interamente alla conversione e al conforto delle anime. Giovanni predicò nelle chiese, nelle vie, nelle piazze, con grande edificazione dei caccamesi che, grati a lui del loro rinnovamento morale, fecero a gara offrendo terreni per il mantenimento del suo istituto. Anche il signore di Caccamo, conte di Modica, avrebbe voluto cedergli vasti possedimenti; Giovanni però, in omaggio alla povertà di cui aveva fatto voto solenne, altro non volle accettare che l’Orto degli Angeli ed un piccolo uliveto in contrada Vallonazzo.
La predicazione di Giovanni non poteva non riuscire feconda di bene, accompagnata com’era dall’esempio costante. Egli infatti sentiva quel che diceva, e metteva in pratica ciò che inculcava ai suoi uditori. Tutto pieno di carità verso il prossimo, ne compativa i difetti, e mai giudicava male di alcuno. Era rispettoso ed affabile con tutti, e mai fu sentito mormorare o pronunziare parole aspre e pungenti. Cercava sempre di contentare tutti e di non essere di peso a nessuno; e, convinto che ciò che si fa agli uomini si fa allo stesso Dio, nulla risparmiava per venire in aiuto dell’umanità sofferente beneficandola. Quasi tutti i giorni si aggirava per le vie di Caccamo, sempre pronto ad accorrere dove ci fosse un infermo da assistere, un afflitto da consolare, un bisognoso da soccorrere, un dubbioso da consigliare, un prigioniero di visitare, una discordia da comporre, un’inimicizia da togliere. Era la carità cristiana, in sommo grado da lui praticata, che lo spingeva fuori dal chiostro per beneficare il prossimo che egli amava come sè stesso per amor di Dio.
Stanco una volta di aver camminato, si sedette sullo scalino della porta di una povera donna, certa Francesca Arena. Dentro, i figlioletti di lei piangevano e strillavano a tal punto da far pena a sentirli. Giovanni chiese il perchè di questo pianto, e quando ebbe appreso che il motivo fosse la fame, esortò la buona donna a distribuire ai figlioletti il pane che si trovasse nella cassa. La povera madre si stupì, sapendo che non ve ne fosse. Per la grande fiducia che aveva in Giovanni, tuttavia, andò ad aprire la cassa, e oh meraviglia! La trovò piena di tanto pane da poter sfamare sè e la sua famiglia per molti giorni.
Il concetto di santità in cui era tenuto Giovanni e per la sua condotta esemplarissima e per i miracoli che spesso operava, non influì al punto di farlo inorgoglire. Egli aveva una così bassa stima di sè da reputarsi il peggiore dei peccatori, fu quindi sempre umile, e mai attribuì a sè i miracoli che operava, persuaso com’era che ogni bene viene da Dio ed a Lui solo se ne deve la gloria. Quando poi accadeva di dover operare qualche prodigio, raccomandava caldamente di non divulgarlo. Sopportava senza lagnarsi le infermità e le peripezie della vita, poichè si stimava meritevole di tutte le sofferenze. Da vicario, da priore, da provinciale, fuggì sempre ogni singolarità nel vestire, indossava sempre abiti dimessi, per umiltà si abbassava a chiedere l’elemosina, egli che non avrebbe avuto bisogno di nessuno per poco che avesse accettato le grandi e generose offerte che gli erano state fatte. Mortificava duramente il suo corpo in particolar modo durante gli ultimi giorni della sua vita. E’ qui che egli, non badando alle forze che di giorno in giorno gli venivano a mancare, nonostante la sua tarda età, adoperò tutti i mezzi per ottenere che lo spirito prevalesse totalmente sulla materia. Mangiava scarsamente e concedeva al sonno pochissime ore.
Trascorreva la maggior parte della notte pregando in ginocchio, tanto da avere le gambe piagate. Non dormiva sul letto, ma sul nudo pavimento, poggiando il capo o su un sasso o su di un legno. Non bastasse questo, non cessava di tormentare il suo debole corpo flagellandosi a sangue: a tale scopo per non essere scoperto dai suoi frati si ritirava spesso in una grotta della vicina contrada Chiarchiaro.
La mattina del primo Novembre 1511 il nostro Beato, scese come al solito in chiesa per accudire ai divini uffici; ma la sua andatura era cascante; sembrava che il peso di tanti anni gravasse di più sul suo capo bianco e sulle sue spalle un po’ curve; egli stesso non smentiva di sentirsi male; ma nonostante ciò, assistè al coro, celebrò messa, ascoltò le confessioni dei fedeli, salì sull’altare per parlare della gloria dei santi, benedisse l’uditorio e reggendosi sul suo bastoncello, si fece strada dentro al convento. Entrato nella sua cella, fu assalito dalla febbre che più tardi dal medico venne dichiarata infettiva. I suoi cari frati non mancarono di prodigare tutte le cure possibili al loro amato superiore, ma purtroppo ogni rimedio riuscì vano.
Il tredicesimo giorno della malattia, vedendo Giovanni appressarsi alla fine, volle fare una confessione generale, chiese così il santo Viatico e l’estrema Unzione che ricevette stando ginocchioni sul pavimento. Dopo ciò predisse il giorno e l’ora della sua morte. I suoi buoni frati piangevano, e con loro i caccamesi, accorsi a visitare l’infermo; ma volle confortarli Giovanni, dicendo con flebile voce che qualora Iddio per la sua infinita bontà l’avesse chiamato al cielo, egli non si sarebbe mai dimenticato nè del suo convento, nè della sua Caccamo, nè di tutta la Sicilia. Raccomandò a tutti la pace, la carità e la fervente devozione alla Vergine Santissima; poi tacque per non parlare più, rimanendo tutto assorto nella contemplazione di Gesù Crocifisso, la cui immagine teneva stretta tra le mani. Morì il 14 novembre 1511, giorno di venerdì, verso le ventuno come aveva predetto.
Quando le campane di tutte quante le chiese di Caccamo coi loro lugubri rintocchi annunziarono la morte del nostro Giovanni, grande fu il cordoglio cittadino. Tutti piangevano l’uomo che li aveva largamente beneficati. Il cadavere, adagiato sopra un feretro, venne da alcuni monaci e da alcuni signori trasportato nella chiesa parata a lutto; e attorno ad esso furono accesi ventiquattro ceri, pietosa offerta del Municipio caccamese al Beato cittadino. Incominciò allora un vero pellegrinaggio alla chiesa di Santa Maria degli Angeli. La salma stette esposta due giorni perchè potessero vederla, l’ultima volta, non solo tutti i cittadini, ma altresì gli stranieri che accorsero dai paesi vicini. Alla fine ebbero luogo i funerali con grande solennità e con l’intervento del Municipio in forma ufficiale e di una gran folla di persone senza distinzione di classe. Quando si tolsero i ceri d’attorno al feretro, poichè questi erano rimasti accesi due giorni e due notti senza consumarsi, si pesarono, e con grande stupore si rilevò che il loro peso non era dimunuito. Il corpo di Giovanni fu allora chiuso in una cassa di cipresso e sepolto cinque palmi sopra terra in una cappellotta o nicchia incavata nel muro a destra dell’altare maggiore della Chiesa. Il corpo rimase in quel luogo per 47 anni finchè Paolo Saso, mosso da sentimenti di devozione, nel 1558, fece costruire, a sue spese, una nuova cappella e un sepolcro di pregiato marmo bianco fatto realizzare da uno scultore palermitano. Il 25 aprile del 1753 Papa Benedetto XIV ha confermato il culto. È stato il primo domenicano di Sicilia ad essere iscritto nell’elenco dei Beati.
Dopo varie traslazioni dovute a lavori di ristrutturazioni della Chiesa, il 13 dicembre 2005, il sarcofago del Beato, contenente soltanto una piccola cassa di legno, fu definitivamente collocato nella nuova cappella a lui dedicata, la seconda della navata destra della chiesa. Il 21 maggio 2006, la cappella del Beato Giovanni venne benedetta da S.E.R. il Cardinale Salvatore Pappalardo, Arcivescovo Emerito di Palermo.